Yahoo!ショッピングの手数料は、2026年9月の改定後、公式料金ページで「月額システム利用料10,000円（税抜）」「売上ロイヤリティ2.5％」「ストアポイント原資1％以上」「決済サービス利用料（決済方法ごと）」の4つが基本の費用項目として示されている。月商100万円・クレジットカード決済のみ・ポイント原資1％という前提で検算すると、合計は77,400円（売上比7.74％）になる。この記事では、公式表記で確認できた数値と、確認できなかった点を分けて整理する。
若松 友貴
一橋大学商学部卒業後、2014年に楽天株式会社へ入社し、楽天市場ECコンサルタントとして累計1,000社超を担当。2017年に食品EC特化の実行型コンサルティング会社Gastroduce Japan株式会社を設立。現在はTikTok Shop公認パートナー（TSP）として60店舗以上を支援し、支援店舗群の月間流通総額は3.5億円を超える（2026年6月時点）。食品カテゴリー初のTikTok Shop「松屋フーズデー」の企画・運営や、「TikTok上半期トレンド大賞2026」ヒットアイテム部門受賞商品の支援を手がけ、2025年にはTikTok食品カテゴリ日商ランキング上位10商品のうち6商品を支援ブランドが占めた。日経MJ一面トップにも掲載。
Yahoo!ショッピングの手数料は4つの項目で見る
公式の料金ページ（business-ec.yahoo.co.jp）に基づく基本項目は次のとおり。売上が発生した場合のみ課金される項目と、毎月固定の項目が混在している点が、他モールとの比較で見落としやすい。
| 項目 | 公式表記 | 性質 |
|---|---|---|
| 月額システム利用料 | 10,000円（税抜）。開店月は日割り | 固定費 |
| 売上ロイヤリティ | 2.5％（売上が発生した場合のみ） | 変動費 |
| ストアポイント原資 | 1％は必須、1〜15％で設定可能（売上が発生した場合のみ） | 変動費（自店で率を選ぶ） |
| 決済サービス利用料 | 決済方法により異なる（次章） | 変動費 |
このほか、アフィリエイト経由の注文には、アフィリエイトパートナー報酬（2〜4％は必須、2〜50％で設定可能。カテゴリにより異なる）と、その報酬の30％にあたるアフィリエイト手数料が別途かかる。
決済サービス利用料は方法ごとに率が違う
公式の決済ページでは、基本手数料と初期費用は無料で、決済金額に対する個別手数料が次のように表記されている。税の扱いも異なり、クレジットカードのみ非課税、それ以外は税別とされている。
| 決済方法 | ストア負担の手数料 |
|---|---|
| クレジットカード | 3.24％（非課税）。PayPayカード発行カードは3.0％ |
| PayPay残高等／PayPayクレジット／ヤフーショッピング商品券 | 3.0％（税別） |
| ゆっくり払い | 3.24％（税別） |
| モバイル支払い（キャリア決済） | 4.48％（税別） |
| コンビニ決済 | 1件あたり200〜350円（税別） |
| 銀行振込（ペイジー） | 1件あたり150円（税別） |
入金サイクルは基本が月1回で手数料なし。月2回は0.1％、月3回は0.2％、月6回は0.4％、月8回は0.6％のオプション手数料がかかると表記されている。なお、コンビニ決済の件数単価は、客単価が低い食品ECでは率に換算すると重くなりやすい。客単価3,000円の注文なら、200円で約6.7％、350円で約11.7％に相当する（200÷3,000、350÷3,000）。
月商100万円の試算：合計は77,400円（7.74％）
読者が自分で検算できるよう、前提を明示する。前提は、月商100万円、決済金額は売上と同額、全件がクレジットカード決済、ストアポイント原資は必須の1％、アフィリエイト・LINE経由は考慮しない、というもの。税の扱いやロイヤリティの課税対象は公式ページに記載がなく確認できなかったため、ここでは簡略化している。
| 項目 | 計算 | 金額 |
|---|---|---|
| 月額システム利用料 | 固定 | 10,000円 |
| 売上ロイヤリティ | 1,000,000円×2.5％ | 25,000円 |
| ストアポイント原資 | 1,000,000円×1％ | 10,000円 |
| 決済サービス利用料 | 1,000,000円×3.24％ | 32,400円 |
| 合計 | 77,400円（7.74％） |
決済をPayPay残高のみにした場合、決済分は30,000円（3.0％）となり、合計は75,000円（7.5％）。アフィリエイト経由の売上が全体の15％（公式シミュレーターが置く前提）で報酬を最低の2％とすると、150,000円×2％＝3,000円、手数料はその30％の900円で、追加は3,900円（0.39％）。クレジットカードの場合の合計は81,300円（8.13％）になる。
粗利率が30％の商品なら、7.74％は粗利の約26％（7.74÷30）にあたる。送料・梱包・広告費を引く前の数字なので、最終的な利益は別途試算が必要だ。送料や原価を含めた粗利の確認には、食品EC 利益シミュレーターが使える。
月額1万円の固定費は月商で重さが変わる
変動費率は、クレジットカード・ポイント原資1％の前提で2.5％＋1％＋3.24％＝6.74％。ここに固定費（月額10,000円）が月商に対してどれだけの比率になるかを足したものが総コスト率になる。
| 月商 | 固定費率（10,000円÷月商） | 総コスト率（6.74％＋固定費率） |
|---|---|---|
| 50万円 | 2.00％ | 8.74％ |
| 100万円 | 1.00％ | 7.74％ |
| 200万円 | 0.50％ | 7.24％ |
| 500万円 | 0.20％ | 6.94％ |
月商が小さい店舗ほど固定費の比率が高く、月商50万円では100万円の2倍の負担率になる。出店を続けるか判断する際は、自店の月商でこの表を計算し直すとよい。
公式で確認できなかった点
次の項目は、今回確認した公式の料金ページ・決済ページに記載がなかった。断定せず、契約画面や出店窓口で確認することを勧める。
- ロイヤリティ・ポイント原資の税抜／税込の別、送料を含むか
- 既存店への適用時期と条件（旧契約との違い）
- 旧制度の「キャンペーン原資1.5％」の扱い（一部の解説記事は廃止としているが、公式の料金ページには該当行がない）
- 決済手数料の適用開始日
LINEショッピングタブ経由の料金に注意
公式FAQでは、LINEショッピングタブ経由の料金は「2026年は発生しない」とされ、2027年1月からタブのカート経由で購入された全注文に、商品販売価格（税抜）の2〜4％（カテゴリにより異なる）が発生すると案内されている。2026年末までは無料期間のため、2027年に向けて、タブ経由の注文比率とその率を総コストに織り込む必要がある。
食品ECが手数料を見る3つの視点
- 決済構成比：手数料率の高いキャリア決済や、件数課金のコンビニ決済が客単価に対して重くなっていないか。
- ポイント原資とクーポンの重なり：必須の1％に加えて原資を引き上げる場合、クーポン・キャンペーン負担と合算した総コスト率で判断する。割引の検算はYahoo!ショッピングのクーポンの記事が参考になる。
- 固定費の損益ライン：月商が低い時期は固定費率が跳ね上がるため、閑散期の月商で試算する。
料金改定後の採算確認や運用設計を整理したい場合は、Yahoo!ショッピングの運営支援のページもご覧ください。支援範囲によって条件が変わるため、費用は個別見積りとなります。
まとめ
Yahoo!ショッピングの手数料は、月額10,000円（税抜）、ロイヤリティ2.5％、ポイント原資1％以上、決済手数料（3.0〜4.48％など）の組み合わせで、月商100万円・クレジットカードのみの前提なら7.74％になる。月商が小さいほど固定費率が効くため、自店の月商・決済構成・粗利率で試算し直してから判断したい。料金は予告なく変更される場合があるので、最終確認は必ず公式ページで行うこと。
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よくある質問
Yahoo!ショッピングの手数料はいくらかかりますか？
公式料金ページでは、月額システム利用料が10,000円（税抜）、売上ロイヤリティが2.5％（売上が発生した場合のみ）、ストアポイント原資が1％必須（1〜15％で設定可能）、これに決済方法ごとの決済サービス利用料が加わります。料金は予告なく変更される場合があるため、契約時点の公式ページで確認してください。
決済手数料は何％ですか？
公式の決済ページでは、クレジットカードが3.24％（非課税。PayPayカード発行カードは3.0％）、PayPay残高等が3.0％（税別）、キャリア決済が4.48％（税別）、コンビニ決済が1件あたり200〜350円（税別）、銀行振込（ペイジー）が150円（税別）と表記されています。
月商100万円だと手数料の合計はいくらになりますか？
決済金額が売上と同額で、クレジットカード決済のみ、ストアポイント原資1％と仮定すると、月額10,000円＋ロイヤリティ25,000円＋ポイント原資10,000円＋決済32,400円＝77,400円（7.74％）です。アフィリエイト経由やLINE経由の料金は含みません。
LINEショッピングタブ経由の料金はいつから発生しますか？
公式FAQでは、2026年は経由料金が発生せず、2027年1月からLINEショッピングタブのカート経由で購入された全注文に、商品販売価格（税抜）の2〜4％（カテゴリにより異なる）が発生すると案内されています。最新の条件は公式ページで確認してください。
旧制度の『キャンペーン原資1.5％』は今も必要ですか？
一部の解説記事では2026年9月に廃止されたとされていますが、公式の料金ページには該当する行がなく、廃止を直接述べる文言は確認できませんでした。契約内容と管理画面の表示で、必ずご自身のストアの条件を確認してください。
手数料が上がった分、食品ECは何から見直せばよいですか？
まず決済手段ごとの構成比を確認し、手数料率の高い決済の比率を把握します。次に、月商に対する固定費率（月額10,000円÷月商）と、ポイント原資・クーポンを含めた総コスト率を粗利率と比べます。送料や原価を含めた試算は、当社の食品EC利益シミュレーターで確認できます。
出典
- Yahoo!ショッピング ストアパートナー 料金（business-ec.yahoo.co.jp/shopping/cost/）
- Yahoo!ショッピング ストアパートナー 決済サービス（business-ec.yahoo.co.jp/shopping/settlement/）
※本記事は2026年11月14日時点で公式ページから確認できた内容に基づく。料金・条件は予告なく変更される場合があります。
